主人公・伊波飛鳥の通う天照館高等学校は、文武両道を校訓とする選りすぐられた者のみが入学を許可される名門校である。 　何の変哲も無い高校生に見えた伊波が、ある事件を契機に執行部へ入部。執行部の表向きは校内の治安を正す生徒会である。しかし、その裏側は討魔を使命とする者、すなわち「鎮守人」の候補者を育成する特殊機関であった。その候補者は、遙か昔より偉業を成し得た者たちの血筋を受け継ぐ者たち。それが別名『転生學園』と言われるゆえんであった。 　伊波は、執行部部長である九条綾人（くじょうあやひと）や紫上結奈（しのかみゆいな）とともに不慣れながらも、執行部の役目を務めていく。転校生でおとなしい榊原拓実（さかきばらたくみ）や幼なじみの元気娘、一之瀬伽月（いちのせかづき）のからかいとも思える、激励に勇気づけられながら。 　 そんな中、天照館・月詠学院の両校を揺るがす大事件に伊波は巻き込まれていくのであった…。